“高山流水”最先出自《列子·汤问》，传说伯牙善鼓琴，钟子期善听音。伯牙所念，钟子期必得之。伯牙鼓琴而志在高山，钟子期曰：“善哉乎鼓琴，巍巍乎若泰山。”少选之间，而志在流水，钟子期曰：“善哉乎鼓琴，洋洋乎若江河” 有古文说：“伯牙鼓琴，钟子期听之，方古琴而志在高山，钟子期曰：‘善哉乎鼓琴！巍巍乎若泰山。’少选之间，而志在流水，钟子期曰：‘善哉乎鼓琴！洋洋乎若江河。’钟子期死，伯牙破琴绝弦，终身不复鼓琴，以为世无足复为鼓琴者。”

自唐代以后，《高山》与《流水》分为两首独立的琴曲。

随着明清以来琴的演奏艺术的发展，《高山》、《流水》有了很大变化。《传奇秘谱》本不分段，而后世琴谱多分段。明清以来多种琴谱中以清代唐彝铭所编《天闻阁琴谱》（1876年）中所收川派琴家著名道士张孔山改编的《流水》尤有特色，增加了以“滚、拂、绰、注”手法作流水声的第六段，又称“七十二滚拂流水”，以其形象鲜明，情景交融而广为流传。据琴家考证，在《天闻阁琴谱》问世以前，所有琴谱中的《流水》都没有张孔山演奏的第六段，全曲只八段，与《神奇秘谱》解题所说相符，但张孔山的传谱已增为九段，后琴家多据此谱演奏。